ג'וזף הוברטוס פילאטיס נולד ב-9 בדצמבר 1883 במנשנגלדבאך, עיירה קטנה ליד דיסלדורף, גרמניה. אביו, היינריך פרידריך פילאטיס, שנולד ביוון, היה עובד מתכת ומתעמל נלהב. אמו ילידת גרמניה, הייתה עקרת בית ונטורופתית.
בגיל חמש איבד ג'וזף את ראיית עינו השמאלית, ככל הנראה בגלל ילדים שזרקו עליו אבנים והציקו לו. באותה תקופה, הוא סבל מבעיות בריאותיות רבות כמו אסטמה, רככת וקדחת שיגרון. הוא הקדיש את כל חייו לשיפור כוחו הפיזי, מכאן בעצם התחיל המניע להתפתחות השיטה.
ג'וזף ואחיו החלו לתרגל אגרוף, הגנה עצמית והתעמלות. הוא לקח אחריות אישית על בריאותו והתגבר על חולשות הגוף. הוא בילה לבד ביער בהתבוננות בבעלי חיים וכיצד הם נעים באופן טבעי. בהמשך ניתן לראות כי המון שמות של תרגילים ברפרטורא הקלאסי כוללים שמות של בעלי חיים. לדוגמא: Swam, Crab, Seal, Elephant Snake ועוד.
בזמן מלחמת העולם הראשונה, ג'וזף פילאטיס חי באנגליה ולהתפרנס כמתאגרף מקצועי, מאמן אישי ואפילו כדוגמן פסל אנושי בקרקס. ב-1914 הובא ע״י השלטונות הבריטיים למחנה מעצר, יחד עם אזרחים גרמנים נוספים, למשך שארית המלחמה. למרות שתקופת המלחמה הייתה קשה, במהלך שהותו במחנה הוא החל לפתח רעיונות ספציפיים לשיטת האימון החדשה שלו.
הוא שם לב איך הגברים במחנה מאבדים מכוחם ללא כל פעילות פיזית, והחל ללמדם תרגילי רצפה, מה שלימים יקרא "עבודת המזרן", במאמץ לשמור על כוחם וחוסנם של גברי המחנה.
התרגילים כללו עבודת בטן, עבודת רגליים וזרועות, תרגילי איזון והנעת עמוד השדרה בכל המישורים: כפיפה, פשיטה, כיפוף צד וסיבוב. תנועות אלה, התבססו על ההתעמלות הגרמנית שלמד פילאטיס בילדותו. אומרים שהגברים האלה שרדו את מגיפת השפעת של 1918 בשל כושרם הפיזי.
לאחר מלחמת העולם הראשונה שוחרר ג׳וזף פילאטיס מהמחנה והוא חזר לגרמניה שם המשיך לאמן אנשים בתרגילים אשר פיתח במחנה. עם הזמן, הופעל עליו לחץ לאמן את חברי הצבא הגרמני והוא החליט, בגיל 42, להגר לאמריקה, שם תכנן להמשיך את הקריירה שלו בתחום הכושר הגופני, לפתוח חדר כושר ולהגיש בקשה לפטנטים נוספים.
פילאטיס היגר לארה"ב בתחילת שנות ה-20 עם אשתו קלרה, ויחד הם פיתחו ולימדו את השיטה בחדר כושר שפתחו בניו יורק ב-1926 - 'body-conditioning gym'.
הסטודיו כלל חלק גדול מהמכשירים שנועדו לשפר את עבודת השיקום שיצר. עד מהרה הוא הפך לפופולרי מאוד, במיוחד בקרב קהילת הרקדנים, מכיוון שהוא הציע הזדמנות לשפר טכניקה או להתאושש מפציעה. השמועה התפשטה במהירות וסלבריטאים רבים כמו רות סנט דניס, טד שון, ג'רום רובינס, ג'ורג' בלנצ'ין ומרתה גרהאם, השחקן חוסה פרר והסופר כריסטופר אישרווד. במקור 60% מקהל הלקוחות היו גברים.
בשנת 1932 פילאטיס הוציא לאור את ספרו הראשון 'Your Health' ובשנת 1945 הוציא לאור את ספרו השני 'Return to Life Through Contrology'. בזכות הספרים הללו ותלמידיו ממשיכי דרכו, השיטה המשיכה להתקיים גם לאחר מותו בשנת 1967. במהלך חייו קרא לשיטתו Contrology. רק לאחר מותו השיטה התפרסמה בעולם כ-׳פילאטיס׳.
ג׳וזף היה ידוע כאדם מאוד ענייני וקשוח וכך גם שיטת ההוראה שלו. יש תמונה ידועה של ג'ו עומדת על הבטן וכלוב הצלעות של זמרת האופרה, רוברטה פיטרס, בזמן שהייתה באמצע תרגיל, כדי ללמד אותה איך להשתמש בבטן שלה כדי להגן ולתמוך בגבה כראוי. "כמה תנועות מעוצבות היטב, המבוצעות כהלכה ברצף מאוזן, שוות שעות של ביצוע התעמלות מרושלת או עיוות מאולץ."
קלרה, לעומת זאת, הייתה ידועה בתור הגננת, והתמקדה יותר בזרימת התנועות. "The Elders", קומץ האנשים שהתאמן ישירות בסטודיו הראשון בניו יורק כמו לוליטה סאן מיגל, רומנה קריזנובסקה, קטי גרנט, רון פלצ׳ר, איב ג׳נטרי, ג׳יי גרימס, קלולה טרייר, ברוס קינג, מדברים על כך שקלרה היא הכוח המטפח מאחורי האיש. קלרה ביססה את המסורת של התפתחות והתאמת שיטת הפילאטיס כך שתתאים לצרכים האישיים של הלקוחות. כיום, שיטת הפילאטיס היא באמת שילוב של שתי הגישות שלהם להוראה.
כשהלקוחות סיימו להתאמן, ג'וזף פילאטיס היה אומר, "אחרי שעה, היכנס למקלחת!" הוא התעקש שכל הלקוחות יתקלחו במקלחת קרה לאחר פעילות גופנית, וכמו רוב הדברים האחרים בחייו - הוא הרגיש מאוד נלהב לגבי איך בדיוק זה צריך להיעשות. אפילו היה נכנס למקלחת עם אנשים כדי ללמד אותם טכניקות שטיפת גוף וקרצוף נכונות.
לאחר מותו, קלרה אשתו של ג׳וזף המשיטה לנהל את הסטודיו בעזרת התלמידים שלהם. קלרה הורישה את המשכיות השיטה באחריותה של רומנה קריזנובסקה, אחת המורות המוכרות והנחשבות ביותר בעולם הפילאטיס הקלאסי. היא הקדישה את שארית חייה להכשרת מדריכי פילאטיס ברחבי העולם. גם בתה, סארי מג'יה סנטו, התאמנה עם ג'וזף פילאטיס ולימדה עם אמה. כעת נכדתה של רומנה, דריה פייס, ממשיכה את עבודה של סבתה.
כיום ישנם עשרות אלפי מורים לפילאטיס בכל רחבי העולם. מיליוני אנשים מכירים את השיטה ומתרגלים אותה כחלק משגרת היום יום שלהם. הפילאטיס היום קיבל שיטות הוראה שונות, וראציות ופרשנויות אישיות. אך, את שיטת הקולנטרולוג׳י המקורית אפשר למצוא בהמון סטודיוס קלאסיים ברחבי העולם ולהמשיך את המורשת אותה השאיר לנו ג׳וזף פילאטיס.